Narazil jsem na problem při klonování windowsu z starého hdd na nové ssd.

Tys neklonoval disk či jeho oddíl, ale jenom systém Windows? 700 GB disk zaplněný jen na 40 GB má pořád velikost 700 GB. Hádam, že bys musel na tom starém HDD zmenšit oddíl na potřebnou velikost (což nevím jak moc je reálné a bezpečné, vzhledem k tomu umístěnému systému). Ten OS není natlačený souvisle na jednu hromadu, ale může být klidně roztahaný po celém HDD. Ale třeba se pletu.