Ano, přes GPO.
Přesně /User Configuration\Administrative Templates\Windows Components\Internet Explorer jsem zkoušel, prolezl jsem jednu po druhé každou možnost, ale nikde jsem tam nenalezl nastavení pro proxy.
Našel jsem tam možnosti, jak konfigurovat většinu věcí v IE, ale okno Připojení ani možnost samotné proxy, jsem tam nenašel.

Za odkaz děkuji, zkusím pročíst. I když mám za to, že už jsem na to někde narazil.