Ne, nemaj obavy. Najprv z inštalačného média, cestou Diskpart.exe - Clean, zmaž prvý sektor na pevnom disku a sprav nový formát tabuľkou NTFS systémového oddielu.
Potom sa postará inštalátor o logické delenie systémových oddielov v prípade x64 bit. OS s inštaláciou úplne sám a automatikuš.