obsah dotčeného adresáře (cos původně skrýval) vykopíruješ pod linuxem nebo pod hirensem, adresář z externího disku pak smažeš.
a pak ho normálně pod windows založíš znovu - zkontroluješ ještě oprávnění těch souborů - a nakopíruješ je zpět.
jinou možností je mezikrok s vykopírováním na flashku do 32gb, ty obvykle bývají s fat32 = bez nastavení práv.

mix různého přístupu mohl vzniknout tím, že na ntfs měly ty soubory už nějaké oprávnění. a po odebrání nastavení pro everyone (a neopravením pro administrator/administrators) pak vznikl většinou nepřístupný guláš.

když s tím máš zásadní problém, uvažuj do budoucna nad formátem exfat. tam sice nelze znepřístupnit obsah pomocí oprávnění, ale pro tebe to bude spíš vysvobození.