Jak tento problém řešit -> NIJAK. Řešení (správné a bezpečné) to imho nemá. Galvanické oddělení nebude při takových rychlostech možné/cenově dostupné.

Ty si totiž neuvědomuješ jednu věc. PCIe je sběrnice INTERNÍ, tedy nemá žádnou ochranu vůči případným rozdílům potenciálů obou zdrojů, jako to mají vnější sběrnice. Problematika je to docela široká, tady se např. řeší společná zem u delších komunikačních vedení: http://www.dps-az.cz/vyvoj/id:7375/kdyz-se-dobra-zem-zmeni-ve-spatnou-izolujte-