OK, tak som našiel jednu tabuľku ktorá mi to pekne vysvetlila... pri zmazaní junction pointu je ovplivnený aj target, pri symlinku ne, symlink taky zvláda relativ patch, to junction ne... v Linuxu Ubuntu 16.04 mi ovšem NTFS junction bere korektne, pre moje účely asi bude lepšie mať junction point... ovšem vo vnútry projektu budú potom ďalšie adresáre, celý projekt je inicializovaný gitom, jak git spracuje symlinky a junction pointy?