První bys měl vymazat ten nový disk. Nejrychlejší by to bylo asi v jiném počítači, použitím programu fdisk nebo ranish partition manageru případně placené programy jako pqmagic.

Dejme tomu že na tom disku uděláš 1 primární oddíl (nastavený jako aktivní!) a naformátuješ ho na fat32.

Připojíš ho zase jako slave a systém přeneseš v příkazové řádce příkazem sys c: d:
Potom pomocí totalcomanderu nakopíruješ všechny soubory z C: na DZkontroluješ si zda máš v TC zaplé zobrazovat skryté a systémové)
Vypneš to, přejumperuješ disk na master a zkusíš jestli jede.

Na klonovače disků bych nespoléhal, práce s FAT16 byla potřeba v hluboké historii a že nějaký ještě navíc převede fat16 na fat32...