reálné to samozřejmě je. Osobně mám rád fsarchiver, byť živé oddíly zálohuje s upozorněním.
Kdyby to byl "velký" OS, bylo by řešením použít LVM a jeho snapshot.

Co se tvé druhé otázky týká, webmin ti zřejmě nejede pod stejným účtem jako to Kodi? Tilda (~) je totiž "zkratka" pro tvůj homedir (u uživatele "pepa" to běžně bývá /home/pepa), viz /etc/passwd. Edit: a logicky, webmin jede pod svým účtem, nebo účtem www-data (platí pro klony Debianu), případně účtem roota (záleží na implementaci)