Udělal bych to ve Vegasu (ten je ale výrazně složitější než Audacity). Načetl bych celé *mkv, podle videa bych v timeline rozřízl začátek a konec toho úseku a audio vyměnil.

Nedávno byl Vegas Pro (+ mnoho dalšího) na Humblebundle za 20€..

Vím, neodpověděl jsem. Ale principiálně se mi zdá takový postup ideální, "vidíš", kde to vystřihuješ.