Aha. To mě mohlo napadnout, když jsi ten soubor chtěl.

Stačilo pouze změnit v build.xml value u elementu attribute.

<attribute name="Main-Class" value="package/Class"/>

Hodnotu value lze získat z jaru ve složce dist z META-INF/Manifest.mf - V mém případě to byl (název balíčku/název třídy obsahující metodu main)

Moc díky. Teď už funguje všechno jak má.