Nastavení / Weby / Flash
Tam máš přímo nastavení, zda se má Flash blokovat/povolit/dotázat
Co se týká té zprávy, to je věc Chrome. Zkus do příkazového řádku zadat: chrome:flags
Vyhledej: Flash
a podívej se, zda tam není nic o vypnutí hlášení ve full screen