Rozbalit ISO a spustit EXE ze složky je složitější?
Já měl naopak problém s těmi bootovacími flashkami. Musíš řešit boot order v BIOSu (pro normálního uživatele nebezpečí, že naopak něco podělá), docházelo k problémům při čtení s Flashky. S postupem ze složky z disku jsem na problém nenarazil.

Když spustíš Setup, nastane to samé, jako když nabootuješ z flashky - systém si připraví instalaci, pak restartuje a už jede pod svým "novým" systémem - starý odloží do Windows.old atd.