Jediné, co si předem ověř, je, abys měl SATA řadič v režimu AHCI (u starších desek to nebylo pravidlem). Pokud AHCI máš, klidně to naklonuj (např. tím Acronisem - ale verzí 2010 a vyšší, která umí zarovnávat na 4kB). Ostatní 2 varianty jsou taky možné a žádný problém s tím není.

edit: "balast" v používaných Windows - to je ovšem tvá vizitka. Osobně v "čisté instalaci" žádné terno nevidím. Stejně se ti doinstalují všechny patche, takže rozdíl bude jen v uživatelském bordýlku, což je ovšem z hlediska OS nepodstatné.