No tak se zřejmě spouštějí jako služby, nebo jako naplánované úlohy. Chce to tedy použít lepší nástroj - MS Autoruns. Ale pozor - zřejmě Ti bude chvíli trvat, než se v něm zorientuješ.
A některé programy můžeš samozřejmě normálně odinstalovat, pokud je k ničemu nepoužíváš.