po zapnutí počitadla se vykonají nastavení biosu. ten dokáže detekovat maximálně jaký má disk na sběrnici. ale nemá ani jak zjistit na kolik logických disků je harddisk rozdělený, stejně tak neumí zjistit souborový systém na těch discích.
bios podle předvoleb předá bootování některému médiu, třeba disku. na něm musí existovat 1) bootsektor s mikroinstrukcemi cože se bude hledat za bootovací soubory, a 2) u hdd taky označení některého z oddílů že právě ten bude bootovací (active).
čili formátování disku na ntfs nemá se schopností bootovat nic společného. biosu a zahryznutí při autodetekci se to nijak netýká.
vymazat ten active atribut u jediného disku snad ani nejde, ale těžko říct jakým nástrojem jsi konverzi na ntfs dělal, partition managery to změnit umí.
vlez ještě do biosu (když bude ten externí usb disk připojený, možná se v biosu objeví mezi výčtem hdd), nastav boot jen z pevného disku, všechny ostatní volby disků dej na disabled, třeba to zabere.