Mno, pokud to nakopírovat půjde, uložíš celou strukturu disku na flešku (resp. nejdřív na datový disk, pak na flešku). Čas zálohy bude stejný (či kratší), jak kdybys dělal ISO. Předpokládám, že máš pošetile povolený autorun v OS, takže při vložení flešky se onen podivuhodný soft spustí stejně, jak z DVD.