Pokud je tam UEFI a chceš to používat v režimu UEFI (což je rozumné, včetně Secure Boot), musíš použít GPT (a zavaděč v samostatném oddílu Fat32).

Jen si nejsem jistý, když to nainstaluješ jako externí, zda to pak bude bootovat, když bude připojen interně (ale to poznáš asi by to mělo jít opravit).

Mimochodem, proč to mermomocí chceš dělat jako externí? Dej ho dovnitř, odpoj ostatní disky, nainstaluj, připoj ostatní disky a systém vol "z UEFI" po stisku F11 (či jiné), žádný dual-boot s Win (jen ev. multiboot přes Grub, když tam těch Linuxů bude víc).