Pokud jde jen o nějaké vyplnění formuláře (naposledy jsem to použil na žádost o pražskou tramvajenku), tak to dělám tak, že PDF formulář vytisknu na virtuální tiskárně (PDF konvertor, kde zvolím jako výstupní formát bitmapu třeba BMP). Získaný obrázek dám jako pozadí stránky a pak už se jenom trefuju do příslušných okének. To je ale pro úplně jiný účel.
S PDF si nějak poradí i libreoffice, ale bude to asi na úrovni toho wordu. Ovšem PDF dokumenty bývají často zamčené.
Možná by bylo lepší si poznámky dělat někam mimo, do odděleného dokumentu ve kterém se na PDF budete odvolávat. S návody to dělám právě tak, nebo častěji (pokud je to jen pro mě a nemusím to nikomu posílat) je tisknu a do toho výtisku čmárám (pokud mají víc než rozumný počet stránek, tak tisknu jen potřebné kapitoly).