Ten update jsi neudělal přes ten původní, co? To by zůstaly barvy zachované.
Zkus nahradit nový PSPad.ini souborem ze staré instalace.

Případně v novém souboru PSPad.INI si najdi sekci [Windows Shell Script] a nahraď ji obsahem z původní instalace, kde se to ještě jmenovalo [Bat] nebo [MS Dos batch]

Nedělej to v PSPadu!