ms autoruns řeší spouštěné položky, čili ne složky.

červené jsou položky, které v sobě nemají popis. nemusí to nutně znamenat malware, ale chce jim věnovat trochu pozornosti. všechny skripty a batky budou samozřejmě červeně, i když to nemusí nic znamenat.
na druhou stranu řeší jen spouštěč (např. rundll32), ale už ne možný škodlivý .dll / .ocx za ním.

pro úplnost: žlutě jsou záznamy, keré nejsou nalezené na disku. jsou to pozůstatky po něčem, nebo jen nastavení, ne fyzický soubor.