Nemáš na NTFS zaplou kompresi souborů ? V průzkumníku by byli soubory modré.

2 284 437 souborů, 262 128 složek, velikost různá. Dovedu si představit že je to vlastnost.
Exfat může například při vytvoření adresáře zabrat víc místa než NTFS.
Velikostí alokační jednotky to nejspíš nebude.
Velikost alokační jednotky zjistíš tak, že spustíš příkazový řádek v režimu správce a zadáš chkdsk X:
X je jméno jednotky a necháš to dojet.