tak hlavně musíš skenovat do formátu, který drží fyzické rozměry. tj. TIFF, EPS, PDF.
Zda to umí Pohoda, to si nejsem jistý (podle https://www.stormware.cz/prirucka-report-designer-online/Vlastnosti_objektu/Zalozka_Obrazek/ podporuje JPG, PNG, BMP).
Jpeg i PNG mají sice DPI, ale pouze jako nepovinnou položku v metadatech.