Ty bys potřeboval nejen zrcadlit, ale zálohovat včetně historie.
Za jak dlouho jsi schopný přijít na to, že došlo k poškození? Týden? Měsíc?
Podle toho musíš uzpůsobit zálohování.

Ztrátu DLL bych viděl na paranoidní antivir, který usoudil, že jde o nebezpečné soubory a přesunul je do karantény nebo je smazal.
Antivir by měl ,mít nastaveny výjimky na systémové soubory a soubory aplikací, aby je nechal na pokoji.

Osobně bych zálohoval celý obraz disku (klidně command line server backup, který je součástí systému). V případě potřeby je součástí zálohy VHD soubor, který se dá připojit jako další disk a vezmeš si z něj, co potřebuješ. Tohle můžeš dělat jednou za několik dnů nebo jednou za týden.

K tomu bych přidal NAS server a zálohoval nějakým softem pro realtime zrcadlení souborů (freefilesync) a na NAS to držel včetně x kopií zpět. Přenášely by se pouze změněné soubory.