Nad databází by měl běžet nějaký databázový server a veškeré záznamy do databáze by měly být v transakci - buď se uloží záznam komplet nebo se neuloží.
Databázové subory i vlastní programové soubory databáze by měly být ve výjimkách antiviru.
Obecně na databázový server by nikdo neměl přistupovat souborově, pouze se přistupuje přes klienta k databázi. Pak na to mserveru nemá antivir smysl.