Tak fajn. Víceméně jsem to vyřešil a řešení je tak triviální, že se stydím a omlouvám se vám za to, že jsem vás obíral o čas.

Po odstranění těch dvou částí co šly (části obsahující soubory na obnovu systému jsem tam nechal), šlo prostě jen kliknout na "Změnit disk na základní". To je vše, teď už mi jdou normálně udělat dva oddíly, jeden 550GB a druhý 350GB. Tak, jak to bylo původně.