K tomu nakažení může dojít během zapnutého počítače. Průser může nastat tehdy, když se jedná o nakažení boot virem a BIOS je nastaven tak, že po zapnutí počítače hledá systém nejdříve na flashce (nebo disketě, CD, ...) a až pak na pevném disku. Pak se totiž počítač nabootuje do viru, nikoliv do vašeho operačního systému. Ten vir sice potom nechá naběhnout i váš systém, ale má ho tak jaksi pod kontrolou, takže si vlastně může dělat co chce. Špatně se to detekuje. Doporučení je mít v BIOSu váš pevný disk jako first boot device, pak se toho nemusíte bát.

Permanentně zapojená flashka se asi více opotřebuje a dříve odejde - životnost je myslím daná počtem uložení dat na její jednotlivé segmenty. Pokud si zálohujete na ní uložená data, tak to při dnešních cenách není velký problém. Takže, jestli vám to vyhovuje ji tam mít pořád zapojenou, proč ne.