To vypadá, že vnitřně používá ffmpeg… není v tom programu někde možnost zadat rozšířené parametry?

Nebo se podívej jestli se v adresáři toho programu někde nenachází ffmpeg.exe (možná?) a pokud jo, udělej to v příkazové řádce…

Něco jako

C:\cesta\k\ffmpeg.exe -i video.mp4 -i audio.wav -c copy output.mkv