Můžeš nabootovat z Live Linuxu a smazat nepotřebné složky.
Pokud ale máš funkční systém nainstalovaný na jiném disku v tomtéž počítači, tak ti snad nic nebrání ten druhý disk promazat podle libosti z toho druhého systému. Nesmíš ale mít na tom "promazávaném" disku složky a soubory, které by mohl vyžadovat ten fungující systém.