pokud na tento disk chci pristupovat z windowsu který je nainstalovaný na jiném disku?

tak nemusíš dělat skoro vůbec nic.
prostě zajistíš, že ten disk s nově naistalovanými windows je na desce zapojený jako první, a že v biosu máš nastaveno bootovat z prvního disku (hdd0).

nežádoucí systém na starém disku pak postupně likviduješ: třeba jeho oddíl nebo adresář \boot, adresář \windows, už nepoužívané \program files.
snad víš, kde jsi na tom disku nechal užitečná data.