z padání průzkumníka bych obvinil nějaký ze "shell extension" doplňků, co sis doinstaloval.
nějaké postupy: https://pc.poradna.net/questions/2814156-prave-tlacitko-mysi-pri-kliknuti-na-plochu-se-zasekne

v pc máš pomalý disk 5.400 ot a rychlejší disk připojuješ přes usb - to je hodně špatný vtip.
chceš říct, že na tom wd máš i systém? v tom případě si běž dokoupit ssd.

nesmyslné zobrazování počtu souborů nemá vysvětlení, ale nepíšeš jak to tvoříš, taky jestli adresář obsahuje 10 nebo 10.000 souborů.
nepíšeš jakým způsobem zálohuješ (při obyčejném kopírování jaké parametry), jestli to zahrnuje i systémové soubory (obvykle s atributy "sh"). windowsí průzkumník je tupý na to, aby něco dokázal použitelně zobrazit.
na měření použitého místa jde použít třeba diskusage.