V čem programovat PHP nebo .Net MVC

Ten, který ovládáš lépe.

To nie sú jediné 2 jazyky v ktorých sa robia web aplikácie.. ostatne môžete programovať jednu web aplikáciu vo viacerých jazykov, a každý jazyk má nejaké výhody a nevýhody,... taktiež projekt od projektu je to iné, a na každý účel je vhodnější iný...
ja web aplikace programujem prevažne v node.js, golang, a v scale. Ono záleží aj od toho čo viete, od požiadaviek, a od mnoha iných faktorov...

Vyjmenoval jsi jeden programovací jazyk a framework.

Já pracuji s ASP.NET Core MVC + Entity Framework Core a vyhovuje mi to. ASP.NET Core navíc běží na novém .NET Core, který je multiplatformní. Nově je multiplatformní i MSSQL Server.
Na linuxu se tedy dá kompletně rozjet ASP.NET Core a za mě je to jasná volba. Programovacím jazykem je tam C#.

Od PHP dávám ruce pryč. Jsem navyklý na strong typové jazyky, takže i když potřebuji něco napsat na frontend, tak používám TypeScript.

Odpověď není jednoznačná ani v případě jednoho programátora.
Pokud je na serveru 50 malých webů s návštěvností do pár stovek, pak je v pořádku, když jsou v PHP.
Má-li být mezi nimi jeden s desetitisícovkami a víc návštěvníků, pak je lepší volba např. Node.js .
Popisuji vlastní zkušenost, blíže strýček Google.