Spouštět budeš přes naplánované úlohy. Vytvoříš, co potřebuješ, uložíš jako dávkový soubor a při spuštění předáš jako parametr.
Ty chceš synchronizovat a chceš to dělat přes FTP? To není ideální kombinace - zbytečně to zdržuje, protože FTP není ideální na předávání informací o souborech.
Jinak FreeFileSync umí jako zdroj i cíl SMB, SFTP i FTP.