stejné názvy souborů ale s rozdílným obsahem

To je celkem problém, protože novější nemusí být automaticky lepší (do jednoho dopíšeš celou kapitolu, pak v druhém opravíš překlep v názvu a smažeš zbytečnou poznámku a veškerá automatika má najednou problém, nebo se klidně rozhodne špatně). Nebo ještě líp - na jednom pracně vyretušuješ fotku a na druhém ti ji potom nějaký prohlížeč automaticky otočí na stojato, nebo opatří náhledem, a vtipně uloží.

Já používám GIT (verzovací systém - a kdo žádný nepoužívá, ten by měl začít nejlíp už včera) a ten to má, aspoň pro textové soubory, docela vychytané, ale i tak se to často bez ruční asistence neobejde.

Jako jo, jsou programy, co to v jednoduchém případě na 99% odhadnou dobře a nějak to udělají. Jenže to zbývající 1% se stejně časem trefí do kriticky důležité věci.