MBR i GPT jsou jen data, která OS říkají, jak jsou uspořádaná ostatní data na disku (jako partišny a tak). V partišnách máž další organizační data (filesystém), které OS říkají, kde a jak najde adresáře, soubory (a jejich jména a další atributy) a kde najde volné místo. Disku je to celkem fuk, data jako data, text Bible, nebo nemravné obrázky, všechno jedno :)

Jediný "problém" je, když uděláš těch partišen moc a malých a pak tam chceš nacpat moc souborů, tak se ti nevejdou na jednu a musíš to všelijak rodělovat mezi C:, D: E: a tak ... a pro disk to zase znamená, že když na jednu mrňavou partišnu píšeš furt dokola (cache prohlížeče třeba) a na druhou velkou nic, tak budou hlavičky pořád vyklepávat na jedno místo a na druhé nic (SSD se tohle netýká, tam je to řešené jinak) a pokud to budeš fakt masivně přehánět, tak si ten kus vyklepeš dřív, než kdybys ten disk dělil na míň větších dílů a používal rovnoměrněji. V praxi ti to ale stejně nejspíš odejde z úplně jiných důvodů.