Nezostanú. Všetky data si zálohuj a naformátuj HDD. Alebo rovno kúp nový HDD, to bude asi najlepšie riešenie.
A pokiaľ si chcela "preniesť Windows z jedného PC do druhého", takto to nefunguje. Nedá sa preniesť win so všetkým na druhý PC. Takže tvoje možnosti: Naformátovať disk, urobiť čistú inštaláciu OS alebo kúpiť nový HDD.
Ale kedže vidím čo tu píšeš, nechal by som to pre istotu na servis. Alebo si zavolaj niekoho skúseného, nech ti to spraví.