používám klonovací programy na systémové disky i přes usb redukci z ebay, funguje to.
pokud to dělám z boot média, přepínám v biosu uefi režim na legacy, ať vidí všechna média a disky.

velikost disku:
obyčejné zálohovací programy se s tím nemusí vypořádat, ale klonovací programy počítají s tím, že disky nejsou stejné. a pokud se zabrané místo vejde na menší disk, pak klonování proběhne úspěšně.
používají i trochu inteligence: oddíly boot/recovery nemění, jejich velikost je směšně malá, u nich by možné zmenšení neušetřilo ani promile místa.

klonovací programy navíc přenáší i podstatný záznam, aby nový bootloader vůbec nabootoval, id disku.
klonují ho automaticky zvolením režimu clone nebo při zálohování systémového disku, acronis true image (boot cd) to má při obnově volitelné.

konkrétně tvůj případ:
klonování systému na ssd by mohly zvládnout i free partition managery. free bývají aplikace do běžících windows. na správu disků často používám minitool partition wizard, ale při klonování si nejsem jistý těmi poměry při zmenšení. zarovnání na ssd bloky umí.

tvůj klonovací macrium by neměl mít žádný problém.