Napsal jsem, aby adresář .config přejmenoval. V Linuxu se místní konfiguráky můžou v klidu smazat (pozor, to neplatí pro /etc/), vytvoří se nové a jestli to někdo pokazil nějakým nastavením, jen dobře. Důležité soubory bych samozřejmě doporučil zálohovat. .
Adresíř .cache rozhodně není nutno zálohovat, jsou to jen soubory pro rychlejší přístup, udělají se v pohodě nové dle potřeby. Po čisté instalaci se mu mohly stáhnout nějaké updaty, čerti vědí takto na dálku, co se stalo, jen hádám. Ani nevím jaké GUI používá.