Je rozdíl, jestli upgrade proběhne při zapnutém systému, nebo z BIOSu?

Ta fleska se dělá proto aby se to z ní nastartovalo. Takže vjedeš do biosu, nastavíš start z flesky a načte se instalátor.
Dělal jsi to takhle ? Nebo jsi to pustil z windows=upgrade ?

Systém mám aktualizovaný, všechno šlape jak má, jen mi vrtá hlavou, jestli zmíněná možnost smazání aplikací atd, ketrou jsem při instalaci 10 použil byla dostatečná, nebo jestli příště bude lepší jít na to jinak.

Jestli jsi dělal upgrade tak je lepší čistá instalace z flesky. Data přesunout jinam nebo to udělá adresář windows.old (pokud nedáš formátovat disk)
Musíš ale mít nachystané ovladače od výrobce desky /čipset,audio,lan+vga/ ideálně na té flesce.

Upgrad jsem udělal pomocí flasky, při případném reinstalu je nutné použít tu samou flashku, nebo si pak zase stáhnu instalační balíček?

Možné je obojí. Pokud to budeš instalovat za půl roku /až bude novější instalátor/ bude lepší stáhnout nový instalační balíček a "udělat" znovu flesku.

Moc děkuji za váš čas a odpovědi.