Pokud je to hardwarový problém ve správci/v procesech ho neuvidíš.
Pochopil jsem z otázky že nejsi BFU a do vytížení/co se spouští při startu ses díval.
Vadný hardware dovede zpomalit počítač - třeba právě grafika/disk/přídavné karty.
Že jsi zkoušel hdd tune jsem přehlédl

Zkusil bych to ještě s odpojeným lan kabelem.