uplně jednoduše ffmpeg -i vstupni.mkv -c copy vstupni.mp4
> následně automatizovat
convert(){
ffmpeg -i $1 -c copy $1.mp4
}
iterovat:
find adresarsfilmy -R -iname "*.mkv" - print0 | xargs -t -I % sh -c 'convert % && rm %'
(nepřesně)

Je dobré si pohrát se sekvenčnostní, rozhodnoutím, zda to dělat na tom samém disku či mít 2 disky (se vstupními) a výstupní -prádzný.
Následně odstranit v názvu souboru příponu mkv ( nejsem v lnuxu zbehlý, ale na windows podobná věc je %~n[b]PROMENNA

samozřejmě bylo by dobré si opravdu zjistit, za příčina je samotný kontejner mKV.[b]