Je v BIOSu té desky možnost upravit napětí southbridge?
Něco jako "SB 1.1V voltage", zkus zvýšit napětí jen mírně o cca 50mV - 100mV a vyzkoušet, jestli se statistika "nevidí disk x vidí disk" nějak pohne.
Když už byl měněný zdroj, nic jiného mě nenapadá.

edit: desky z té doby měly možnost pro určitou skupinu SATA portů vynutit režim revize 2.0 (SATA 3 Gb/s), právě z důvodu jakési nekompatibility (měl jsem to na čipsetu A85X). Rychlostně by to tomu disku nevadilo. Anebo, jako další možnost zkusit snížit rychlost POST a dát disku větší šanci se chytit. Většinou něco jako volbu Fast přepnot na Normal atp. Za vyzkoušení nic nedáš.