zkusim, ale zatím teda nevím,kde je ten filtr, jestli v Linuxu nebo v Thunderbirdu

V grafickém rozhrani Thunderbird

Na tom obrázku co jsi postnul, aby jsi našel "Exec=thunderbird %u" ktery máš popřípadě upřesnit na "Exec=env LANG=cs_CS thunderbird %u" , musíš sjet trochu níž.
(po změně restartuj Thunderbird, nebo Ubuntu aby se některé parametry aplikovali, rozhraní by se mělo aplikovat bez potřeby restartu aplikace, ale jeden nikdy neví)