msconfig.exe sa nedá zmazať appx.

Jedine manuálne, na drzovku, priamo súbor v jeho úložisku.

msconfig.exe je ale ešte jeden v zálohe OS, prípadne si ho extrahuj z ISO Windows.

cesta:
C:\Windows\System32\msconfig.exe

C:\Windows\WinSxS\amd64_microsoft-windows-msconfig-exe_31bf3856ad364e35_10.0.18362.1_none_acd7ae7f1af87f71\msconfig.exe

Radšej si sprav znovu čistú inštaláciou z ISO a okamžite sprav Image, bitovú zálohu systémových oddielov niekam bokom.