PSPad to umí jako uživatelský konvertor. Nadefinuješ si co čím nahradit, podobně jako ten tvůj seznam a pak to pustíš.
Ale není problém jen v tom, že ten soubor otevíráš se špatnou kódovou stránkou?

Pokud máš víc souborů najednou, je možné je překonvertovat hromadně, je na to připravený skript, který spustí konvertor na všechny otevřené soubory.
Konvertor by vypadal nějak takto (soubor uložit s příponou INI do podsložky .\Convertor):

;User conversion definition file for PSPad editor
[Settings]
ForwardName=Konverze do kódování pro hru
BackwardName=Konverze ze hry do čitelného

;ignore char case - it tells convertor to ignore char case in specific direction
ForwardIgnoreCase=0
BackWardIgnoreCase=0

ConversionStyle=strings

[Strings]
Ě|Ê
Ů|Û
Č|Ç
Ď|Ð
Ň|Ñ
Ř|Ò
Š|Ø
Ť|Î
Ž|È
ě|ê
ů|û
č|ç
ď|ð
ň|ñ
ř|ò
š|ø
ť|î
ž|è