Ahoj

Jde o to, že musím vytvořit řídící proměnou, abych mohl v timeline projít postupně všechny prvky pole.

[Jen tak plácám]

Java není úplně můj šálek kávy, ani jsem příklad příliš neprocházel do detailu.
Možná napíši hloupost, ale proč to pole jednoduše neproiteruješ?

Něco jako:

@Override
    public void start(Stage primaryStage) {
        var rectangle = new Rectangle(200, 200, Color.BLACK);
        var list_of_color = new Color[]{Color.PINK, Color.MAGENTA, Color.RED, Color.GREEN, Color.YELLOW, Color.TURQUOISE, Color.BLUE, Color.ORANGE};
        rectangle.setOnMouseClicked((t) -> {
            var timeline = new Timeline(new KeyFrame(Duration.millis(400), (event) -> {
                
                         for (Color color : list_of_color) {
                               rectangle.setFill(color);
                              }
                 
             }));
            timeline.setCycleCount(list_of_color.length);
            timeline.play();
        });
        primaryStage.setTitle("Example!");
        primaryStage.setScene(new Scene(new Pane(rectangle)));
        primaryStage.show();
    }

    public static void main(String[] args) {
        launch(args);
    }
}

Pokud je nežádoucí, že prohledávání začne vždycky od prvního prvku, můžeš si odvodit vlastní třídu Color, která bude mít navíc pro tuto příležitost property
enum used -> true, false.
A to zohledníš při podmínce při použití.

[/Jen tak plácám]