Šlo by to pomocou VBA...

uprav si podľa seba:

Private Sub Workbook_Open()
  Dim PWord as String
  PWord = "PW1"
  SendKeys PWord & "{Enter}" 
  ActiveWorkbook.UpdateLink Name:="C:\Source1.xls", Type:=xlExcelLinks
  PWord = "PW2"
  SendKeys PWord & "{Enter}" 
  ActiveWorkbook.UpdateLink Name:="C:\Source2.xls", Type:=xlExcelLinks
End Sub

Dôležité je nastaviť prepojenia v zošite - nezobrazovať výzvu a neaktualizovať prepojenia - prepojenia sa aktualizujú automaticky cez vyššie uvedený kód po otvorení súboru

PWord = 'heslo' na otvorenie súboru