Můžeš jeden nechat FAT32, ale má víc nevýhod než NTFS - pro Windows XP/Windows Vista rozhodně použij NTFS.
Rozdíly se dají snadno vygooglit, trochu vlastní snahy by neškodilo...
http://www.microsoft.com/technet/prodtechnol/window sserver2003/cs/library/ServerHelp/61db3cb9-3c46-487 a-a199-23c0d6572fc0.mspx?mfr=true