Asi takto:
Kedysi bol Skype ako samostatná aplikácia a NEPATRILA M$. Vtedy sa vytváral účet na základe vytvorenia skypemena a hesla, pričom nebol potrebný M$ Account. Stačila akákoľvek overiteľná e-mailová adresa.
Po prevzatí Skype M$ - je Skype už viazaný na M$ Account.
V prvom prípade sa dal zrušiť, pretože všetky údaje boli na (nezávislých) serveroch Skype (skype.com).
Žiaľ - Skype prevzal M$, teda i tie prihlasovacie údaje prevzal pod svoje krídla.
Ak máš však Skype viazané na M$ Account - tak zrušíš jedine zrušením celého účtu M$.

Na okraj:
Ja som Skype registroval ešte v dobe samostatnej aplikácie (nezávislej) - takže teraz mám prakticky 2 Skype účty - ten pôvodný a zároveň aj s M$ účtom. A dávnejšie som niečo vyskúšal - spustenie 2x Skype - jedenkrát pod pôvodným účtom a druhýkrát pod M$ účtom - a fungovali paralelne.
Teraz ale už neviem, či to funguje - Skype používam len výnimočne.