Ještě mě napadlo, že když lezeš do té složky spouští se nějaké zálohování, synchronizace cloudu nebo něco podobného. Možná by to ukázal procesexplorer.
Udělá to ten problém když tam vlezeš i jiným programem ? Například explorer vs totalcomander ?

Pokud je ten disk vadný měl bys ho mít v záruce. Pokud to nějak řešit nechceš tak koupí nového, čistou instalací windows to pořešíš na 99,9 procent.