Jedná se o několik desítek textových souborů různě ve složkách. Jde mi o to, aby je nepřepisovala aplikace při aktualizaci.

Celá tato diskuze ja na základě par textových souborů ? Těch pár snad můžeš před Upgradem zálohovat, což da míň práce jak hledat několik dní jejich znepřístupnění.
Jestli nechceš aby je OS při Upgrade "přepisovat", tak je neinstaluj na disk C:/